Mengingat di dalam satu negara hanya boleh ada satu perhimpunan nasional, maka 16 Januari 1950 pemerintah belanda membubarkan NERKAI dan menyerahkan asetnya ke PMI. Pihak NERKAI diwakili dr. B. Van Trich, sedangkan dari PMI diwakili dr. Bahder Djohan.
PMI sendiri merintis kegiatannya melalui bantuan korban perang revolusi kemerdekaan Republik Indonesia dan pengembalian tawanan perang sekutu maupun Jepang. dari kinerja tersebut, PMI mendapat pengakuan secara Internasional dari Komite Palang Merah Internasional (ICRC) pada 15 Juni 1950 dengan menjadi anggota Palang Merah Internasional.
Setelah itu PMI diterima menjadi anggota Perhimpunan Nasional ke-68 oleh Liga Perhimpunan Palang Merah dan Bulan Sabit Merah yang disebut Federasi Internasional Perhimpunan Palang Merah dan Bulan Sabit Merah (IFRC) pada Oktober 1950.
PMI terus memberikan bantuan hingga akhirnya pemerintah Republik Indonesia Serikat mengeluarkan Keppres No. 25 tanggal 16 Januari 1950, dikuatkan dengan Keppres No. 246 tanggal 29 November 1963. Dari sana, pemerintah Indonesia mengakui keberadaan PMI.
Adapun tugas utama PMI berdasarkan Keppres RIS, yakni memberikan bantuan pertama pada korban bencana alam dan korban perang sesuai dengan isi Konvensi Jenewa 1949.