Selain itu, di tahapan ini juga melibatkan lima rumah sakit untuk gelaran uji klinis yakni RSUD Dr. Soetomo, RS Unair, RS Saiful Anwar Malang, RS Paru Jember, dan RS Dr. Subandi Jember.
Terdapat perbedaan yang cukup mencolok di uji klinis fase 3 Vaksin Merah Putih ini, yaitu tidak adanya lagi evaluasi aspek imunogenisitas. Jadi, hasil yang akan diterima uji klinis fase 3 hanya aspek keamanan.