Kemudian, amanat kedua dibuat bersama dalam satu naskah pada 30 Oktober 1945. Amanat tersebut menyatakan bahwa Yogyakarta akan dipimpin oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII.
Yogyakarta menjadi salah satu Ibukota Negara Republik Indonesia dari 4 Januari 1946 sampai 17 Desember 1949. Hingga saat ini Yogyakarta pemerintahannya masih dipegang oleh Sultan dan Adipati.
Di Yogyakarta gelar Sultan setara dengan jabatan Gubernur, keduanya memiliki tanggung jawab yang sama. Meski demikian, Presiden Republik Indonesia juga memiliki andil memberikan aturan kepada DIY.
Berdasarkan Pasal 18 UU 1945, Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) menginginkan kedudukan sebagai Daerah Istimewa tetap berlanjut. Itulah alasan kenapa Jogja dinamakan daerah istimewa.
(Salman Mardira)