BACA JUGA:
Di dalam gereja ini terdapat sejumlah nisan peninggalan zaman VOC, termasuk nisan milik Gubernur Jenderal Henricus Zwaardecroon yang berlapis perunggu.
Pada masa pemerintahan VOC, Gereja Sion dikenal sebagai Gereja Portugis di Luar Tembok Kota Batavia. Hal ini dikarenakan desain bangunan gereja yang bernuansa Portugis, dengan tujuan agar gereja ini dapat menjadi tempat ibadah yang akrab bagi para mantan budak Portugis yang dibebaskan oleh VOC dari Kesultanan Malaka.
Sebelum menjadi gereja, tempat ini awalnya digunakan sebagai tempat belajar agama bagi para budak Portugis. Karena semakin banyak yang belajar dan beribadah, diputuskan untuk membangun gereja di lokasi tersebut.