Sebagai gantinya dibangunlah Stasiun Tanjung Priok periode kedua di sebelah Halte Sungai Lagoa pada 1914.
Pembangunan Stasiun Tanjung Priok periode kedua dipimpin oleh arsitek bernama Ir. C.W. Koch. Proses pembangunan stasiun ini mengerahkan sekitar 1700 pekerja dengan 130 di antaranya merupakan pekerja asal Eropa. Dan pada akhirnya stasiun ini resmi dibuka pada 6 April 1925 bersamaan dengan peluncuran kereta listrik pertama rute Priok-Meester Cornelis (Jatinegara).

Setelah kemerdekaan Indonesia, Stasiun Tanjung Priok sempat berhenti beroperasi pada tahun 1999 dan mulai beroperasi kembali pada 13 April 2009 hingga sekarang. Sebelum dioperasikan kembali, stasiun ini sempat mengalami renovasi.
Renovasi dilakukan tanpa merubah bentuk dan keaslian dari bangunannya. Dengan demikian, stasiun ini dapat beroperasi dengan baik untuk keperluan transportasi dan juga dapat menjadi tempat untuk studi wisata sejarah.
Itulah sejarah Stasiun Tanjung Priok.
(Salman Mardira)