Adapun fatwanya diatur Majelis Ulama Indonesia (MUI) No 4 Tahun 2016, yang menyebutkan bahwa vaksin dikategorikan sebagai benda yang mubah. Sementara pemerintah mengacu pada fatwa tersebut, sehingga untuk berbagai jenis vaksin aman dipakai dan tidak dosa jika diberikan kepada manusia.
Beberapa waktu lalu, saat introduksi vaksin MR di Pulau Jawa, Sekertaris Komisi Fatwa MUI Asrorun Niam mengatakan, beberapa fatwa MUI pernah dikeluarkan untuk penggunaan vaksin polio khusus (IPV) Tahun 2002. Juga, dengan adanya Fatwa MUI tentang penggunaan vaksin polio oral (OPV)
Tahun 2005.
Niam menambahkan, adapun fatwa tentan kejelasan vaksinasi atau imunisasi dan obat-obatan, fatwanya dikeluarkan pada 23 Januari 2016. Fatwa tersebut menunjukkan bahwa vaksinasi boleh dilakukan guna melakukan pencegahan.
Dalam fatwa ini, disebutkan bahwa imunisasi adalah suatu proses untuk meningkatkan sistem kekebalan tubuh, terhadap penyakit tertentu dengan cara memasukkan vaksin. Sementara vaksin adalah produk biologi yang berisi antigen berupa mikroorganisme yang sudah mati atau masih hidup tetapi dilemahkan, masih utuh atau bagiannya, atau berupa toksin mikroorganisme yan telah diolah menjadi toksoid atau protein rekombinan, yang ditambahkan dengan zat lain, yang bila diberikan kepada seseorang akan menimbulkan kekebalan spesifik secara aktif terhadap penyakit tertentu.