"Atas keberhasilan tersebut Stammeshaus mengusulkan agar pavilium Aceh dibawa pulang ke Aceh, dan dijadikan museum," tutur Kepala Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Aceh, Reza Pahlevi di Banda Aceh, Kamis (30/7/2015).
Pavilium itu kemudian dikembalikan ke Aceh dan diresmikan sebagai Museum Aceh. Lokasi awalnya di sisi timur Lapangan Blang Padang, Kutaraja (kini Banda Aceh).
Usai Indonesia merdeka, museum ini jadi milik Pemerintah Aceh. Pada 1969, museum ini dipindah ke sisi Jalan SA Mahmudsyah atas prakarsa Panglima Kodam I, Brigjen Teuku Hamzah Bendahara. Pengelolaannya diserahkan ke Badan Pembina Rumpun Iskandar Muda (Baperis).
Lima tahun kemudian museum ini direhabilitasi. Selain Rumoh Aceh, di atas lahan 10.800 meter persegi itu juga mulai berdiri gedung pameran tetap, gedung pertemuan, gedung pameran temporer, perpustakaan, laboratorium, gedung galery dan rumah dinas. Koleksinya juga terus ditambah.
Tahun 1975 pengelolaan museum ini diserahkan ke Depertemen Kebudayaan dan Pendidikan. Terhitung 28 Mei 1979, statusnya dinaikkan jadi Museum Negeri Aceh. Peresmiannya oleh Daod Yoesoef, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan kala itu pada 1 September 1980.
Baru 20 tahun kemudian kewenangan penyelenggaran museum ini diserahkan ke Pemerintah Daerah Aceh, dan hingga kini masih berada di bawah tanggung jawab Pemerintah Aceh.