BACA JUGA:
Pada masa pemerintahan VOC, Gereja Sion dikenal sebagai Gereja Portugis di Luar Tembok Kota Batavia. Hal ini dikarenakan desain bangunan gereja yang bernuansa Portugis, dengan tujuan agar gereja ini dapat menjadi tempat ibadah yang akrab bagi para mantan budak Portugis yang dibebaskan oleh VOC dari Kesultanan Malaka.
Sebelum menjadi gereja, tempat ini awalnya digunakan sebagai tempat belajar agama bagi para budak Portugis. Karena semakin banyak yang belajar dan beribadah, diputuskan untuk membangun gereja di lokasi tersebut.
Seiring berjalannya waktu, Gereja Sion telah mengalami beberapa kali proses restorasi besar. Restorasi tersebut dilakukan pada tahun 1725, 1920, 1976, dan terakhir pada tahun 2002.
Selain perbaikan bangunan, penataan lingkungan juga pernah dilakukan di sekitar gereja.