Karena terus berkembang, Merpati memperkuat armadanya melalui tambahan tiga Dornier DO-28 dan enam Pilatus Porter PC-6. Dengan demikian, total armada efektif menjadi sebanyak 15 pesawat, dan karyawan Merpati juga ditambah menjadi 583 orang.
Di bawah Komando Direktur Utama Capt. R.B. Wibisono (1966-1967) pada tahun 1966, Merpati mulai mengomersialkan diri. Pada masa yang sama juga perusahaan mulai memperluas wilayah operasinya di Papua. Tak hanya itu, Merpati juga menerima bantuan tiga Twin Otter dari PBB.
Di bawah pimpinan Marsekal Pertama Udara Santoro Suharto, pemerintah melihat kemampuan Merpati untuk berdiri sendiri. Hal tersebut mendorong pemerintah agar mengurangi subsidi operasi penerbangan perintis
Namun, langkah yang diambil ternyata keliru dikarenakan pengurangan subsidi berujung pada masalah keuangan yang cukup pelik. Imbasnya, penerbangan komersial belum beroperasi dengan sempurna.
(Foto: Instagram/@aviation.indonesia)
Alhasil, pemerintah mau tidak mau kembali turun tangan dengan memberi konsesi untuk ikut andil dalam bagian menjalankan penerbangan jarak jauh (trunk operation), jarak sedang (semi trunk), dan jarak tidak jauh (federline operation).
Sekadar informasi, maskapai ini juga menyediakan rute internasional, seperti Pontianak-Kuching (Serawak, Malaysia) dan Palembang-Singapura. Merpati juga menjalin kerjasama dengan sejumlah perusahaan penerbangan nasional dan internasional
Dinyatakan pailit
Berdasarkan keputusan Pengadilan Niaga (PN) Surabaya pada 2 Juni 2022, PT Merpati Nusantara Airlines (Persero) atau Merpati Airlines resmi dinyatakan pailit.