Selama pembangunannya, konon terowongan ini sempat terbengkalai pada 1916 karena tidak ada tenaga ahli yang bekerja. Selain medan yang sulit, banyak pekerja yang sakit dan berujung meninggal dunia secara tiba-tiba. Padahal pada zamannya, terowongan ini sangatlah penting karena berfungsi sebagai rute pengangkut hasil bumi seperti kopra, padi dan rempah.
Kerap digunakan orang untuk bertapa

Merangkum dari berbagai sumber, meski saat ini terowongan tersebut berstatus non-aktif, namun masih banyak orang yang datang ke tempat tersebut. Mereka yang datang ada yang hanya untuk berswafoto, namun ada pula yang bertapa di dalam terowongan angker tersebut. Meski demikian, tidak ada satupun orang yang tahu tujuan dan maksud orang tersebut memilih bertapa di tempat itu.
Orang sekitar desa hanya berasumsi bahwa orang yang bertapa di Terowongan Wilhelmina adalah orang yang ingin menuntut ilmu atau pesugihan. Menurut laporan masyarakat sekitar, di dalam terowongan yang melegenda tersebut kerap ditemukan beberapa benda seperti kayu yang dibakar sebagai alat penerangan mereka ketika ritual tapa.