Menariknya, sebagian besar orang terinfeksi virus ini tak mengalami gejala atau hanya mengalami gejala ringan yang berumur pendek, yang sering dikira sebagai gejala sakit flu biasa. Gejalanya sendiri umumnya muncul di 5 hingga 15 hari setelah infeksi, meliputi demam, kejang, leher kaku, bingung, sulit berbicara, gemetar tak terkendali di bagian tubuh (tremor), otot terasa lemah atau kelumpuhan otot.
Patut jadi perhatian, disebutkan kalau 1 dari setiap 3 orang yang mengalami gejala yang lebih serius ini akan meninggal akibat infeksi.
Bagi yang sembuh, gejala akan perlahan membaik, meski memang butuh waktu sampai beberapa bulan untuk pulih sepenuhnya, dan setengah dari orang-orang yang terinfeksi ini namun bertahan hidup dikatakan biasanya mengalami kerusakan otak permanen.