Whoosh dioperasikan dengan jadwal dari pukul 06.15 hingga pukul 20.30 WIB setiap harinya. Pada jam sibuk seperti pagi dan sore hari Kereta Cepat Whoosh memiliki headway di 25-35 menit dan di luar jam sibuk memiliki headway di 50-60 menit.
KCIC akan mengevaluasi pola operasi secara rutin dimana sewaktu-waktu terjadi peningkatan jumlah penumpang, akan dilakukan penambahan perjalanan.
Untuk memberikan pelayanan yang optimal, KCIC menerapkan skema dynamic pricing dalam penentuan tarif Kereta Cepat Whoosh. Dalam menetapkan tarif yang ditawarkan, KCIC mempertimbangkan berbagai aspek seperti, jam keberangkatan, jumlah permintaan, atau periode keberangkatan.
Selain itu, KCIC telah melakukan berbagai persiapan menyambut periode Nataru, termasuk pengecekan berkala terhadap sarana dan prasarana perkeretaapian seperti EMU, listrik aliran atas, rel, dan fasilitas lainnya. Penyiapan fasilitas di masing-masing stasiun dan kesiapan SDM operasional juga telah menjadi fokus utama perusahaan.