Goa ini pertama kali ditemukan pada 1820. Goa Kiskendo berjarak 38 km ke barat dari Yogyakarta dan 21 km ke arah utara dari pusat Kota Wates.
Berdasar mitos pewayangan, Goa Kiskendo merupakan tempat pertempuran antara Mahesa Sura yang merupakan raja dari kerajaan Kiskendo dan patihnya, Lembu Sura, melawan Subali dan Sugriwa, wanara kakak beradik yang diperintahkan para dewa untuk merebut Dewi Toro, seorang dewi cantik yang diculik oleh Mahesa Sura.
Goa Kiskendo ini mulai dibuka resmi menjadi destinasi wisata oleh Dinas Pariwisata Daerah Istimewa Yogyakarta pada 1987.
Pengelolaaan goa yang memiliki kedalaman 1,5 km di dalam perut bumi ini diserahkan ke Dinas Pariwisata Kulon Progo pada 2005.
Di kawasan Goa Kiskendo terdapat satu amphiteater yang biasa digunakan untuk mementaskan sendratasi kolosal Sugriwa-Subali. Sendratari topeng ini dipentaskan sebanyak 10 kali dalam setahun.
(Rizka Diputra)