Secara historis, keberadaan pelabuhan itu sudah ada sejak dulu. Tepatnya saat Pemerintah Kolonial Belanda mematahkan perlawanan Sultan Salehuddin dari Kerajaan Kutai pada tahun 1844, gubernemen Belanda menempatkan Asisten Residen H. von De Wall ke Samarinda Kota.
Samarinda kemudian dijadikan daerah yang langsung berada di bawah perintah gubernemen atau Vierkante paal pada 1896. Selain menjadi pusat pemerintahan Kalimantan Timur, gubernemen Belanda juga menjadikan Kota Samarinda sebagai kota pelabuhan untuk daerah Kutai dan sekitarnya.