Selama pembuahan, ketika sel telur dan sperma bergabung, dua set kromosom bersatu. Jika sel telur atau sperma memiliki jumlah kromosom lebih banyak atau lebih sedikit dari biasanya, maka janin akan memiliki jumlah kromosom yang tidak normal. Saat sel telur yang telah dibuahi tumbuh menjadi janin, sel-selnya membelah dan berkembang biak beberapa kali. Kelainan selama proses ini juga menyebabkan keguguran.
Berikut beberapa faktor yang dapat menyebabkan keguguran:
1. Ketidakseimbangan hormonal.
2. Implantasi sel telur yang telah dibuahi secara tidak tepat pada lapisan.
3. Kelainan rahim.
4. Leher rahim tidak kompeten (leher rahim mulai terbuka terlalu dini pada kehamilan).