Lalu pada 1810, karena bangunan yang dianggap kurang layak akhirnya Jenderal Herman Williem Daendles selaku Gubernur Pemerintah Hindia Belanda memberikan tempat baru untuk Gereja Katedral di kawasan Senen.
Pastor Nelissen beserta sejumlah orang pun melakukan renovasi. Setelaha itu, Gereja Katolik I di Batavia diberkati dan Santo Ludovikus dipilih sebagai pelindung.
Sayangnya, pada 1826 gereja tersebut mengalami kebakaran. Meski gedung gereja selamat, namun rangkanya sudah rapuh sehingga tidak bisa digunakan lagi. Alhasil, Komisaris Jenderal Leonardus Petrus Josephus Burggraaf Du Bus de Ghisignies yang merupakan seorang Katolik memerintahkan Ir. Tromp untuk merancang Gereja Katolik lagi.

Gereja Katedral Jakarta