Setelah itu, pembangunan Gereja Katedral mulai dilanjutkan pada 16 Januari 1899 hingga diresmikan pada 21 April 1901.
Bangunan dasar Gereja Katedral berbentuk salib dengan arsitekur bergaya Neo-Gothic. Gaya arsitekur ini adalah seperti pada bangunan gereja di Eropa pada masa itu.
Gereja Katedral memiliki tiga menara yang meruncing ke atas. Menara pertama adalah Menara Angelus Dei yang terletak di atap bagian tengah. Menara ini memiliki ketinggian 45 meter dari dasar bangunan gereja.
Sementara menara kedua adalah Menara Benteng Daud yang terletak di sisi kiri pintu masuk. Sedangkan menara ketiga adalah Menara Gading yang terletak di sisi kanan pintu masuk. Keduanya memiliki ketinggian yang sama, yakni 60 meter.