Alternatif lainnya, kepala bunga bisa dibiarkan mengering di tanaman. Namun, lindungi dengan jaring atau kantong kertas yang memiliki sirkulasi udara agar biji tidak mudah dijangkau burung.
Setelah kepala bunga benar-benar kering, lepaskan bijinya dengan menggosok permukaan bunga menggunakan tangan atau sikat yang cukup kaku. Lakukan proses ini di atas wadah lebar agar biji tidak berhamburan. Selanjutnya, pisahkan biji dari sisa kelopak, serat bunga, dan kotoran lainnya.
Jika ingin menanam bunga matahari kembali, pilih biji yang sudah matang dan biarkan mengering sepenuhnya sebelum disimpan. Masukkan biji beserta cangkangnya ke dalam amplop atau kantong kertas. Jangan lupa mencantumkan tanggal panen dan jenis bunga matahari agar mudah dikenali saat akan ditanam.
Simpan di tempat sejuk dan kering hingga waktu penanaman tiba. Kelembapan perlu dihindari karena dapat memicu pertumbuhan jamur dan menurunkan kemampuan biji untuk berkecambah.
Biji bunga matahari berukuran besar umumnya lebih cocok dijadikan camilan, biasa dikenal dengan nama kuaci. Setelah dipanen, bilas biji menggunakan air mengalir, lalu tiriskan dan keringkan di atas tisu dapur.