Meskipun pernikahan pertamanya kandas, tak butuh lama bagi Stephen untuk menjatuhkan hatinya kepada perempuan lain. Dia menjalin hubungan dengan perawat pribadinya Elaine Mason dan menikah di 1995. Lagi-lagi masalah datang menerpa. Elaine merasa jengkel terhadap orang-orang di sekitar suaminya yang menurutnya melelahkan. Terlebih tidak ada perawat yang bisa membantunya merawat Stephen dan menghormati keluarga tersebut. Tak hanya itu, anak-anak Stephen pun menuding Elaine membatasi mereka untuk bertemu ayahnya.
Permasalahan dalam pernikahan semakin bertambah panas di tahun 2003. Pada waktu itu perawat pribadi Stephen menganggap Elaine memperalat pasiennya secara fisik. Kemudian perawat itu melaporkan perbuatan istri kedua Stephen ke polisi. Namun polisi tidak melanjutkan penyelidikan karena pria yang duduk di kursi roda tersebut membantah laporan perawatnya. Namun tetap saja pernikahan itu harus berakhir di 2006.
Seiring berjalannya waktu, hubungan Stephen dengan ketiga anak dan kedua mantan istrinya berangsur membaik. Terutama saat film The Theory of Everything ditayangkan. Maka dari itu, kematian Stephen membuat anak-anaknya merasakan duka yang mendalam. Mereka pun menuliskan pesan yang berisi, "Kami sangat sedih karena ayah tercinta kami meninggal dunia hari ini. Dia adalah ilmuwan hebat dan pria luar biasa dalam pekerjaan yang dijalaninya bertahun-tahun. Keberanian dan ketekunannya telah mengilhami orang-orang di seluruh dunia. Dia pernah berkata, 'Tidak akan lagi alam semesta jika tidak ada tempat bagi orang yang Anda cintai. Kami akan merindukannya selamanya."
(Helmi Ade Saputra)