Dia diberhentikan dari tugasnya sebagai dokter pemerintah Belanda. Bukan hanya itu, dia juga ditangkap lalu diasingkan ke Belanda pada 1913. Meski berada di negeri penjajah tanah airnya, Cipto Mangunkusumo tetap melancarkan aksi politiknya.
Sekembalinya ke Indonesia pada tahun berikutnya, Cipto tak berhenti bergerak untuk membela hak masyarakat. Dia dijadikan tahanan kota di Bandung oleh pemerintah Belanda pada 1920. Di sana dia bertemu Soekarno, yang kemudian bersama-sama membentuk Partai Nasional Indonesia (PNI).
Pada 1927, Cipto lagi-lagi dibuang oleh Belanda, yaitu ke Banda, Maluku. Dari sana, Cipto yang sakit-sakitan dipindahkan ke beberapa tempat, sebelum akhirnya dipulangkan ke Sukabumi pada 1940. Menjelang ajal, kesehatan Cipto semakin memburuk. Cipto Mangunkusumo meninggal dunia pada 8 Maret 1943 di Jakarta dalam usia 57 tahun.
(Leonardus Selwyn)