Khusus untuk Stasiun Kotalama, Stasiun Kebumen dan Stasiun Gombong, KA Gajayana hanya akan berhenti saat mengarah ke timur atau menuju malang. Kemudian Stasiun Jatinegara, KA Gajayana hanya akan berhenti saat mengarah ke barat atau menuju Jakarta.
Sebagai kereta eksekutif dengan fasilitas yang lengkap, harga tiket KA Gajayana untuk jarak jauh berkisar antara Rp435.000 hingga Rp535.000. Sedangkan untuk perjalanan jarak pendek seperti Malang-Tulungagung berkisar dari Rp265.000 hingga Rp325.000.
Menurut data dari Tiketkeretaapi.com, pada rute tertentu, KA Gajayana juga menyediakan harga khusus yang hanya dapat dibeli dalam kurun waktu dua jam sebelum keberangkatan di loket pembelian.
Di antaranya ada rute Malang-Madiun yang dibanderol dengan harga Rp110.000, rute Kediri-Yogyakarta dibanderol Rp160.000, rute Madiun-Yogyakarta dibanderol Rp90.000, dan rute Cirebon-Jakarta yang dibanderol Rp160.000.
(Salman Mardira)