Protokol kesehatan yang diterapkan di Kawasan Nusa Dua dimulai dari pintu gerbang utama Nusa Dua dengan melakukan pemeriksaan kendaraan dan kesehatan pengunjung, pemeriksaan identitas diri dan reservasi tempat yang dituju yang merupakan salah satu syarat masuk ke Kawasan Nusa Dua.
ITDC juga akan memastikan wisatawan menggunakan masker selama beraktivitas dalam kawasan, selalu mencuci tangan dengan teratur dan melakukan physical distancing.
Untuk memastikan pelaksanaan physical distancing, ITDC menerapkan crowd management dengan membatasi jumlah pengunjung di suatu lokasi maksimal 25 orang, dan menerapkan Queue and Interaction Management dengan mengatur jarak antrian pengunjung sehingga dapat mencegah penumpukan pengunjung.
ITDC juga menggunakan sistem cashless untuk transaksi wisatawan di area Waterblow sehingga mengurangi interaksi melalui sentuhan. Layanan cashless ini dapat menggunakan debit dan kartu kredit semua Bank, E-Wallet, E-Money semua bank, dan online channel.