Tepat pada tahun 1964, kebun binatang ini dipindahkan ke daerah Ragunan, Pasar Minggu, Jakarta Selatan di atas lahan seluas 30 hektar. Lahan ini dihibahkan langsung oleh Pemerintah Provinsi DKI Jakarta. Dua tahun setelahnya, namanya kembali diganti menjadi Taman Margasatwa Ragunan.
Kini, Ragunan berdiri di atas lahan seluas 147 hektar dengan koleksi 200 jenis satwa yang totalnya mencapai lebih dari 2.000 ekor. Satwa-satwa tersebut terbagi menjadi beberapa kategori seperti karnivora yang mencakup harimau, singa, dan macan tutul.
Kemudian ada satwa berjenis herbivora seperti rusa, jerapah, dan gajah. Lalu ada berbagai macam burung dan reptile, serta tidak ketinggalan pula beberapa jenis primata.
Seluruh satwa tersebut dirawat dengan konsep open zoo, agar mereka merasa berada di habitat aslinya.