Masjid ini mampu memuat 180 jamaah dalam setiap baris atau shaf. Ornamen Masjid Agung Natuna mengambil inspirasi dari Al-Qur’an.
Sementara bagian tengah masjid tampak diterangi dari cahaya alami yang bersumber dari kubah berlukiskan kaligrafi dan bermotif bunga.
Masjid Agung Natuna memiliki empat menara di keempat sisinya dan total enam kubah berwarna hijau dan kuning yang terang.
Selain untuk wisata reliji, masjid ini juga menjadi daya tarik wisata karena berada di kepulauan yang indah. Di belakang masjid ini tampak pegunungan yang diselimuti dengan warna hijau, senada dengan warna kubah. Jika pergi ke Natuna, Masjid Agung adalah salah satu yang wajib dikunjungi.
(Johan Sompotan)